Most recent comments
Jogging og blogging
Are, 9 måneder, 2 uker
Liveblogg nyttårsaften 2016
Are, 9 måneder, 2 uker
Reading in dark times
Are, 11 måneder, 1 uke
Moldejazz 2016
Camilla, 1 år, 2 måneder
Dørskilt
Karoline, 1 år, 3 måneder
Halifax
Tor, 1 år, 4 måneder
Sony Smartwatch 3 review
Tor, 1 år, 4 måneder
Numerikk, takk
Tor, 1 år, 4 måneder
Topp tur
Camilla, 1 år, 6 måneder
Tolkien reading day
Tor, 1 år, 7 måneder
50 book challenge
Camilla, 9 måneder, 3 uker
Five years ago
Tokyo
Tor
Controls
Register

In silico

I skrivende stund befinner jeg meg i Edinburgh, på et møte i EU-finansiert initiativ for forskning på giftighet av nanomaterialer, eller nanotox som det gjerne kalles. Det som er spesielt med nanomaterialer, for eksempel nanopartikler, er at de ofte kan ha egenskaper som skiller seg ganske radikalt fra større partikler av det samme materialet, pluss at de gjerne blir spesialdesignet for å ha uvanlige egenskaper. Jeg kan ikke allverden om dette, men et eksempel jeg hørte er at man for eksempel kan designe nanopartikler som holder seg suspenderte i vann (altså at de ikke faller til bunns). Det kan være hendig underveis i en eller annen prosess, men det er kanskje ikke fullt så hendig hvis du er en fisk og dette ender opp i havet.

En av idéene bak dette initiativet er det som kalles Safety by Design, altså at man tenker på sikkerhet og giftihet og denslags underveis i prosessen, og prøver å lage et tryggest mulig produkt, heller enn at man lager et produkt som gjør det man vil, og så tester det for giftighet til slutt. For å få til dette, med de relativt store mengdene med nye nanomaterialer som lages, er det ønskelig å gjøre mer forskning på hvordan man kan bruke datamodeller til å forutsi giftighet og denslags, og det er altså her jeg kommer inn i bildet, som datamodellerer.

Når man gjør datamodellering, eller på en eller annen måte simulerer et system på en datamaskin, kalles det gjerne å gjøre forsøket in silico. Jeg sier gjerne, men det er kanskje ikke helt sant. Mitt inntrykk er at det for det meste er biologer eller medisin-folk som sier slikt, og grunnen til det er formodentlig at de fra før av liker å snakke om å gjøre ting in vivo eller in vitro.

In vivo, som er latin og sikkert betyr «i liv», brukes for å beskrive dyreforsøk med levende dyr. Jeg skal ikke gå inn på en stor diskusjon av dyreforsøk, men det er åpenbart at det henger ved visse etiske utfordringer, i tillegg til at dyreforsøk tar lang tid og er dyre. Hvis man for eksempel skal vurdere giftigheten av 1000 nye nanopartikler er det praktisk umulig (eller i allefall ekstremt dyrt) å gjøre dette ved hjelp av dyreforsøk.

In vitro, som er latin og betyr «i glass», er ofte et billigere alternativ. Det innebærer at man dyrker frem cellekulturer, som kan være menneskeceller, dyreceller, bakterier eller nesten hvasomhelst, i glassskåler. Deretter tilsetter man stoffet man er interessert i, og prøver å avgjøre om cellene blir ulykkelige, for en eller annen definisjon av ulykkelig. Det er mye rart man kan se på, fra enkle ting som at cellene dør, til hva som skjer med de ulike prosessene som foregår i en frisk celle. Fordelen med å gjøre forsøk in vitro er at det er etisk uproblematisk, det er relativt raskt, og med nye hippe labroboter kan man gjøre hundrevis eller tusenvis av forsøk i parallell, så man får mye data. Ulempen er at en celle som vokser i sukkerlake (eller vekstmedium, som det egentlig heter) ikke nødvendigvis oppfører seg som en celle i kroppen. Det er verdt å minne om et visdomsord fra XKCD:

In silico, som er latin og betyr «i silisium» refererer altså til at man utfører eksperimentet «i en prosessor», som er laget av silisium. Personlig synes jeg det er et morsomt ordspill, men jeg vet ikke om jeg ville brukt det gjentatte ganger i et vitenskapelig arbeide, som var tilfelle for en artikkel jeg leste i går. Uansett, når noen sier in silico er det god sannsynlighet for at det er dette de mener.

Et annet uttrykk som er greit å ta med i samme slengen er in situ, som naturligvis også er latin, og betyr «på plass» eller noe slikt. Altså ikke «På plass!» som i det man sier til en hund, men som i at noe studeres på plassen sin. Dette er et uttrykk også eksperimentelle fysikere liker å bruke. For eksempel, hvis man lager et materiale ved å putte det i et vakuumkammer og bombardere det med ioner er man gjerne interessert i å følge med på prosessen. Da kan man for eksempel ha vinduer i vakuumkammeret, og bruke en optisk teknikk for å måle hva som skjer med overflaten. Dette kalles å måle in situ, fordi prøven forblir i kammeret og man kan måle mens man bombarderer. Alternativet er ofte å ta prøven ut av kammeret, og det er åpenbart mer upraktisk. Et godt dagligdags eksempel er steketermometer, som gjerne brukes til å måle temperaturen på lammelåret in situ.

Forøvrig, en eller annen gang kunne jeg tenke meg å gjøre undersøkeleser på et eller annet i vin, slik at jeg kan si at jeg gjorde eksperimenter in vino. Men det er kanskje bare jeg som er litt rar.
Camilla, Are, Jørgen likes this

Comments

Camilla,  15.03.14 15:00

Jeg har i det siste digrert i hytt og vær til studentene mine om gresk og latin -- skjønt det handlet mer om androider og alteritet enn det du driver med.

Kanskje Karoline kan komme slengende med noen saftige fraser fra jus?
Category
Physics
Tags
in silico
in vitro
in vivo
nanotox
Views
1881
Last edited by
Tor, 14.03.14 00:19