Most recent comments
Liveblogg nyttårsaften 2017
Tor, 7 months, 2 weeks
Jogging og blogging
Are, 1 year, 7 months
Liveblogg nyttårsaften 2016
Are, 1 year, 7 months
Reading in dark times
Are, 1 year, 9 months
Moldejazz 2016
Camilla, 2 years
Dørskilt
Karoline, 2 years, 1 month
Halifax
Tor, 2 years, 1 month
Sony Smartwatch 3 review
Tor, 2 years, 2 months
Numerikk, takk
Tor, 2 years, 2 months
Topp tur
Camilla, 2 years, 4 months
50 book challenge
Camilla, 7 months, 2 weeks
Controls
Register

Publisering

Den absolutt mest slitsomme delen av å skrive og publisere en vitenskaplig artikkel er prosessen med å laste den opp til tidsskriftet for vurdering. Mange vil kanskje si at det å skrive artikkelen er slitsom, og andre vil kanskje trekke frem den til tider ganske tilfeldige fagfellevurderingen, og det er naturligvis noe i dette. Jeg har selv jobbet med en artikkel i over et år, og jeg har også fått kommentarer som «Forfatterne har tidligere publisert flere artikler med en professor som konsekvent unngår å sitere mine artikler. Derfor anbefaler jeg ikke denne artikkelen for publisering.», og ja, dette er slitsom og frustrerende. Men jeg mener altså likevel at selve opplastingsprosessen er hakket verre. Drøye kommentarer i fagfellevurderingen blir alltid til en god historie man kan le av på fredagspilsen, men den gangen du brukte to timer før du fant ut at artikkelen ikke ville laste opp riktig fordi du hadde lagt ved en figur i pdf versjon 1.5? Ikke like festlig.

For å begynne med begynnelsen, hvilke skritt er egentlig involvert i å laste opp en artikkel til et tidskrift? Først må man typisk fylle ut litt informasjon om seg selv, eventuelle medforfattere og litt om artikkelen, i et mer eller mindre veldesignet skjema på en nettside. Vanligvis er disse mindre veldesignet, og av og til inneholder de direkte feilaktig informasjon. For eksempel prøvde jeg nylig å laste opp en artikkel til Computer Physics Communications, der det stod at man kunne be om en spesiell redaktør, og at hvis man ikke ba om en redaktør ville tidskriftet velge en for deg. Ok, tenkte jeg, og valgte å ikke be om en redaktør. Jeg gikk videre, men da jeg kom til siste steg manglet den siste knappen jeg skulle trykke på for å sende inn artikkelen, og etter en epost til support fant jeg ut at grunnen var at jeg ikke hadde bedt om en redaktør.

Når man er ferdig med alle formalitetene kommer man til neste skritt, som er selve opplastingen. Er artikkel består vanligvis av en .tex-fil, en .bbl-fil med referanser og ofte en eller flere figurer, som av og til må følge udokumenterte krav til filtyper (kun .ps, pakket som .tar.gz, er en slager), versjoner og størrelser. Min erfaring er igjen at dette vanligvis skjer i et mindre godt designet skjema. Når alle filene så er på plass kommer vi til det kritiske steget, nemlig kompileringer. Tanken er at man først kompilerer dokumentet på sin egen maskin, ser at alt funker fint, laster opp og kompilerer på serveren, og bekrefter at man får produsert det samme dokumentet. Hadde det enda vært så enkelt.

Denne prossessen går nesten garantert ikke bra første gangen, og det gjelder det å håpe på at journalen har implementert en noenlunde fornuftig måte å vise loggen fra LaTeX. Jeg prøvde for eksempel en gang å laste opp en artikkel til Optics Express, og hver gang var loggen kuttet midt i et ord, som ikke lot til å være en del av en fornuftig feilmelding. Jeg fant etterhvert ut at loggen alltid ble kuttet etter et visst antall bytes, lenge før den kom frem til den faktiske feilen. Computer Physics Communications har en annen fin vri, som består i å lagre LaTeX-loggen som en pdf, med alle figurene den kunne finne limt inn bakerst bare for å sørge for at det som kunne vært en fil på kanskje 100 kB blir flere megabyte. En stund trodde jeg serveren faktisk prøvde å være vanskelig, ved å gi meg en melding om at den ikke kunne finne er pdf med det navnet når jeg lastet opp en figur i postscript, og at den ikke kunne finne en postscript-fil med det navnet når jeg lastet opp en pdf, men det viste seg å bare være merkelig inkonsistent rapportering av at den ikke fant figuren.

Når man så har fått kompilert dokumentet spørs det om det ser fornuftig ut, og det er slett ikke alltid tilfelle. Eksempelet over, igjen fra Computer Physics Communications, viser en figur som er havnet utenfor margene, og delvis utenfor siden. Jeg har aldri sett dette problemet før, og da jeg sendte epost til support fikk jeg til svar at jeg hadde brukt opp plassen som var satt av til figurer. Jeg aner ikke hva det betyr, så jeg venter i spenning på svar på oppfølgingseposten jeg sendte.

Nå skal det nevnes at det å skrive en løsning der du lar folk laste opp og kjøre vilkårlige progrogrammer på serveren din, som essensielt er det som skjer når man laster opp og kompilerer en tex-fil, er antagelig ikke trivielt om man skal tenke sikkerhet. En annen ting er at det er antagelig mange gamle systemer rundtomkring, både nettløsninger og trykkeriløsninger, så det er kanskje ikke helt urimelig at det finnes noen sære krav til filformater og slikt. Likevel, at jeg enda ikke har støtt på en journal som har greid å gjøre opplasting av artikler til en smertefri opplevelse er litt sært. Greit nok at man krever pdf versjon 1.4 eller lavere, men man kan i allefall skrive det på hjemmesiden, og man trenger heller ikke gjøre hjemmesiden sin til en ikke-determininstisk labyrint bare på trass.
Matteus likes this

Comments

Wow

Camilla,  13.03.13 23:06

Kanskje det er derfor mine folk bruker Word?
Tor,  22.05.13 22:58

Jeg fikk svar på eposten jeg nevnte. Først spurte jeg altså hva som var grunnen til at figuren havnet utenfor siden, og de sa det var fordi jeg hadde brukt opp plassen som var satt av til figurer. Så spurte jeg hva det betydde, og da sa de at beklager, de burde uttrykt seg klarere, og det de egentlig mente var at figuren hadde havnet utenfor margen. Så da så.
Camilla likes this
Category
Technology
Tags
publisering
vitenskap
tidsskrift
Views
2390